Em um futuro pós-apocalíptico, a humanidade está sob ameaça constante de criaturas gigantes conhecidas apenas como "urrossauros", que são subdivididos em pelo menos quatro categorias de acordo com a sua dimensão: "Conrad", "Mohorovičić", "Gutenberg" e "(Super) Lehmann". Empurrados para a beira da aniquilação, os remanescentes da humanidade que são conduzidos por uma misteriosa organização conhecida como APE abandonam a superfície da Terra, agora um deserto sem vida, para a relativa segurança de cidades fortalezas móveis conhecidas como "latifúndios". Para defender os latifúndios dos urrossauros, casais de crianças chamadas "parasitas", se tornam pilotos de robôs gigantes conhecido como "Franxx" (フランキス Furankisu?).
Hiro é um prodígio ex-candidato a piloto que por não conseguir sincronizar com sua parceira não completam o programa de treinamento. Enquanto ignorando a cerimônia de formatura da sua classe, Hiro encontra Zero Two, uma infame pilota de Franxx com sangue de urrossauro e chifres vermelhos que o leva como seu parceiro para deter outro ataque de urrossauro. O rumor é que quem pilota com ela três vezes morre, mas ela começa imediatamente a gostar dele e a chamá-lo de "amado" (darling).
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