A história de Dorohedoro acontece em um cenário pós-apocalíptico, dividido em duas dimensões separadas; o Buraco, uma paisagem urbana sombria onde os humanos residem; e o mundo dos feiticeiros, lar dos feiticeiros. Apesar de parecerem semelhantes, humanos e feiticeiros são duas espécies distintas, a primeira evoluindo naturalmente, enquanto a segunda foi criada por um demônio primordial chamado Chidaruma. Feiticeiros são capazes de entrar no Buraco convocando portas mágicas.
A trama se concentra em um homem chamado Caiman e sua busca por sua identidade real, após uma transformação por um feiticeiro, o deixou com a cabeça de um réptil e sem lembrança de sua vida anterior. Junto com sua amiga Nikaido, ele ataca violentamente feiticeiros no Buraco, com o objetivo de levar a cabeça à boca, onde um rosto estranho aparecerá e confirmar se o feiticeiro em quem ele mordeu foi o responsável por sua transformação ou não. De alguma forma, Caiman é imune a efeitos mágicos e, como resultado, é extremamente perigoso para feiticeiros.
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